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La enseñanza de la Medicina en Nicaragua, se inicia en 1798, en el Colegio Seminario de San Ramón, en León, bajo la influencia de las concepciones escolásticas que predominaban en la metrópolis colonial y que consideraban a la enfermedad como castigo a las impurezas del alma. Sin embargo, con el tiempo, surgen concepciones más novedosas que dan origen a una medicina de carácter más científico. Se desarrolla la clínica, y con ello la Facultad de Medicina, la cual adopta el sistema de la universidad napoleónica, empezando a otorgar el título de Doctor en Medicina, en 1893.

En la década de los 50, se conquista la autonomía universitaria y se inicia un modelo desarrollista y liberal de la educación superior. En el campo de la medicina se introduce el modelo flexneriano el cual modifica el esquema napoleónico, dando paso a la norteamericanización de la enseñanza: aparecen los departamentos, se desarrollan las ciencias básicas y la formación del médico se centra en el ámbito hospitalario.

En 1969 se inicia en Centroamérica una comente dirigida a cambiar los curricula de las Facultades de medicina, promovida por la Organización Panamericana de la Salud y la Organización Mundial de la Salud, y contando con el apoyo de la Federación Panamericana de Asociaciones de Facultades y Escuelas de Medicina (FEPAFEM).

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Elección de nuevas autoridades de la Facultad de Ciencias Médicas 2014-2018.